樹齢300年を超える赤松のご神木を中心に、山桜、しだれ桜、山法師、楓、紅葉、藪椿、木蓮など大きな樹木が自由に枝を伸ばし、季節の移り変わりを教えてくれます。足元のヒノキ苔、杉苔、山苔などを愛でるのも散歩道の楽しみの一つ。永楽和全ゆかりの茶室「永楽庵」もございます。

手前には白を基調とした光溢れる空間があり、花梨やアオダモが花や実をつける様子が見られます。奥には黒を基調にした静寂な空間があり書庫が置かれています。泉鏡花や室生犀星などこの地ゆかりの作家の本をはじめ、美術書や植物図鑑などが備えられ、ゆっくりと読書が楽しめます。

男女それぞれ内湯、露天風呂、サウナがあります。泉質はカルシウム・ナトリウム硫酸塩温泉。開湯1300年の歴史を誇る名湯山代温泉の湯です。温浴効果により血液の循環を促し、疲れを癒し、豊富なミネラルにより体調を整えます。美肌効果もあります。

「懐石方林」は、薬師山の風景を正面に望み、25本の柱が林立するダイニングです。「林」という字は集まる様子を指し、「方林」とは人が集い新しい出来事と出会う場所を意味します。ここにゲストが加わり、夜の帳に包まれた夕食や、爽やかな朝食が供されます。朝はヨーガセッションも行われます。

円庭には大きな丸い池があり、原研哉によるアート作品「蹲（つくばい）方寸」（2005年に金沢21世紀美術館で発表後、当館に移築）が備えられています。円庭の奥には薬師山の僧侶が温泉と薬草を用いて人々を癒していたという歴史に発想を得たスパ「円庭施術院」があり、「薬師山トリートメント」が行われています。